El Consejo de la Unión Europea habia elaborado un proyecto de acuerdo internacional que sería concluido entre los Estados miembros, la Unión Europea y los terceros Estados parte en el Convenio sobre la Patente Europea por el que se crearía un tribunal competente en los litigios relativos a la patente europea y a la futura patente comunitaria. En ese contexto, el Consejo ha solicitado el dictamen del Tribunal de Justicia sobre la compatibilidad del acuerdo previsto con el Derecho de la Unión
El Tribunal de Justicia observa ante todo que según ese acuerdo, el tribunal europeo y comunitario de patentes es una institución que se sitúa fuera del marco institucional y jurisdiccional de la Unión. Es una organización dotada de personalidad jurídica propia en virtud del Derecho internacional. El proyecto de acuerdo le atribuye competencias exclusivas para conocer de numerosas acciones ejercidas por los particulares en materia de patentes, en particular las acciones por violación o amenaza de violación de patente, las acciones de nulidad y ciertas acciones de indemnización o de reparación.
En este dictamen el propio TUE añade que se encomienda a ese tribunal la interpretación y la aplicación del Derecho de la Unión en el ejercicio de sus funciones. Es cierto que el Tribunal de Justicia ha afirmado que un acuerdo internacional que prevé la creación de un órgano jurisdiccional encargado de la interpretación de las disposiciones de dicho acuerdo internacional no es, en principio, incompatible con el Derecho de la Unión.
También ha admitido que un acuerdo internacional puede afectar a sus propias competencias, siempre que se cumplan los requisitos esenciales para la preservación de la naturaleza de ésas y que no se ponga en peligro la autonomía del ordenamiento jurídico de la Unión. Sin embargo, a diferencia de otros sistemas jurisdiccionales internacionales sobre los que el Tribunal de Justicia se ha pronunciado en el pasado, se atribuye al tribunal europeo y comunitario de patentes la interpretación y la aplicación no sólo de las disposiciones del acuerdo internacional previsto sino también de las disposiciones del Derecho de la Unión.
Además, el Tribunal de Justicia observa que la creación de ese tribunal privaría a los órganos jurisdiccionales nacionales de la facultad, o en su caso la obligación, de plantear cuestiones prejudiciales al Tribunal de Justicia en materia de patentes, ya que el proyecto de acuerdo prevé un mecanismo prejudicial que reserva la facultad de remisión prejudicial al tribunal europeo y comunitario de patentes, al tiempo que priva de ella a los órganos jurisdiccionales nacionales
